1.MassARRAY运用的质谱法直接检测SNP，用于快速基因型识别。
2.GWAS及二代测序验证：Gerentec公司的科学家用质谱列阵技术验证了用二代测序发现的涵盖的1500个肿瘤基因的2500多个肿瘤基因突变。
3.肿瘤体细胞基因突变谱分析,Sequenom研发多款应用于肿瘤细胞突变检测的试剂盒，涵盖50多个肿瘤基因和肿瘤抑制基因的600多个突变位点。
4.基因表达定量及目标基因CNV分析，与DNA甲基化联合应用，可以更好的进行肿瘤病人生存预后分析。
5.DNA甲基化定位定量：与基因分析共同被认可。
6.病原体分子分型：整合PCR的高灵敏度以及质谱的高精确度，应用于分子分型，物种鉴定，变异物种的发现等。
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